礼仪草草地结束了，李氏朝鲜王朝的时代结束了。按照内附的惯例，朝鲜王室将在不久后离开朝鲜，在汉地已进行安置。不过朱由校倒对这件事没太上心，打算把麻烦直接甩给内阁。
饶是如此，现在的朱由校也并不清闲：一是要考虑朝鲜总督区的架构和总督人选，二是需要判断朝鲜目前的局势。
在出海南巡之前，他和内阁都没有想到朝鲜的部分官员会对内附的反抗会如此强烈，也没有想到锦衣卫与军队下手如此的果断与迅速，虽然说从结果来看这是好事，但也不得不承认，这场针对性的大清洗使朝鲜事态大大的复杂化了，远超出先前的预料。
在大明军队的加持下，现在嗯，大明已经牢牢地控制住了朝鲜的中央政府，但对于地方而言大明的管控力度还是较为薄弱的；准确的说，就是在先前李氏朝鲜王朝时期，朝鲜的中央政府对于地方的掌控也并不强，此时的朝鲜是实实在在的“种姓制度”，地方有当地的豪门贵族所掌控，而中央也是个地方大族较量的场所。
而在目前的情况下，大明直接控制了朝鲜中央政府，这对于很多的地方大族来说是利益受损的，一个不好恐怕会弄出不少奉“衣带诏”讨贼的家伙。虽然他们对于明政府没有任何军事上的威胁，到时候朝廷天兵一到，只需万人，顿时就能将其碾为齑粉，但这会是明军陷入到治安战当中，使朝鲜不能成为加油包，反而成为了放血槽，这与朱由校的目的不符；他需要的是一个稳定的，可以为明朝辽东军团作为战略后方和返攻基地的朝鲜。
这使得他不得不延长了自己在朝鲜巡视的时间，并且将彻底控制朝鲜个地区的军队，掌握权，朝鲜的军权，作为首要目标。
虽然朝鲜王朝军队实力弱小是古今中外所有人的共识，但不能不承认，此时的朝鲜还有七支军队仍拥有一定的战斗力，不可小觑，只要稳住了这七支军队，那基本上就稳住了整个朝鲜。
而这七支：军队分别朝鲜六镇兵丁（庆源军镇、会宁军镇、钟城军镇、庆兴军镇、稳城军镇和富宁军镇）和降倭军。
六镇兵马，以骑兵为主力，是李氏朝鲜军中难得的骁勇善战、弓马娴熟的部队，驻扎在北方前线，以防止后金窥视。应当承认这些军队是有一定战力的，曾经与各个女真部落打得有来有回；但是他们并不善火器，在任辰战争中被打得很惨，况且努尔哈赤早已整合了女真，此时若后金主力全面进攻的话，他们的防线至多是延滞罢了，没有丝毫的胜算。
虽然攘外不行，但是朱由校与明廷本来也就没在这方面指望过他们，而单论安内的话，六镇确实绰绰有余。只要六镇在掌握，那整个朝鲜的北方便安稳了。
而剩下的一支王牌便是降倭了，降倭部队最开始就是由万历朝鲜战争中日本降卒所组成的部队，但现在时过境迁，第一批日本士兵早就老了，现在的部队基本上是由其子孙和他们训练的朝鲜士兵组成的，并且知道现在还有相当的战力。
宣祖二十七年（公元1594年），朝鲜北兵使郑见龙以降倭为先锋打击女真人易水部，由降倭“负牌先登，官军继之，城遂陷尽歼”，共杀死易水部胡人七八百口，可谓大捷。直至康熙年间，还有朝鲜降倭后裔军团随清廷征哥萨克，表现得相当显眼。
在萨尔浒之战中，作为附属国而支援大明的朝鲜军向后金投降。但是其中300余降倭军却不愿降。在姜弘立（朝鲜军主将）让他们为努尔哈赤表演剑术时，计划行刺努尔哈赤以报国家（朝鲜）。虽然计划因泄密最终失败，但也给当时的后金军队造成了一定动荡，更足以见其赤胆忠心。
这样忠诚的部队是朱由校迫切需要的。
朝鲜安置降倭，主要是京中收容，组成军队；或两界（中朝）安置，作为教官。而现在的降倭军主要就驻扎在龙山，离汉城相当之近，所以收服他们就是朱由校的当务之急。不过好在，大明政府对于外籍士兵的处理是很有经验的。
其实，日本士兵在明朝也很多，明朝很喜欢用日本投诚部队来对抗蒙古、女真部族。早在倭乱时期，就有明政府将降倭充军的记载，《万历野获编》记载顾冲庵曾经将沿海俘获的几十个倭寇编入辽东边军，只不过这都：不成规模。
万历朝鲜战争爆发后，明军中出现了成建制日本降兵。时任五军三营参将刘铤（明末名将）曾接受了大量的日本降兵，麾下就有一个汉名为刘朝元的日本千总，其手下镇远营中有超500的倭铳手，实力不俗，且忠心耿耿。
不过大多数时候，明政府很少将这些日本士兵成建制的组成军团使用。明军认为这些降兵人数众多，聚集在一起容易生事。所以一般是按照20-80人为1组，由各地的卫所进行思想教育。在确定没有二心后，分散到辽东前线、大同、宣府等九边重镇使用。万历末年，朝中甚至有人建在明朝的京师部队京营中设置一个“倭营”，作为禁卫军使用，但最终被否决。
在中国汉武、初唐、蒙元时期，以及在外国如波立联邦、奥斯曼帝国，用外族人和异教徒留在京城组成禁卫军，是相当常见和普遍的状况，并且大多战斗力强悍，忠心耿耿。朱由校自然也对比有一定的心思。
由于有着历史经验，所以朱由校也打算以降倭军作为自己接收朝鲜地方军权的起点。