所谓三宝，指的乃是精、气、神。精，是自身精血；气，是自身法力；神，是自身心念神识。
这部真经由简而繁地阐述了精、气、神人身三宝，讲明各自功用，又以此为基衍生出三类修行法门。
炼精之法唤作“太元真身”，乃是增强体魄的功法，到极致时可修炼成一具不死不灭的躯壳，神魂寄托其中，便能长久存活下去。
炼气之法唤作“抱元仙法”，乃是将天地元气化为自身法力的法门。从根本而言，与诸家炼气门派的功法无异。
炼神之法唤作“一念成神”，却是教人锻炼神识的法门。有成之后，神魂不受肉身拘束，可出窍神游，一念降临大千。
陆吾倚仗为根本的长生法门乃是五岳真形决之法，达成元神之后，肉身便可随意丢弃，是以他对那炼精之法只扫了一眼便不去看了；而经文上的炼气之法不见得就比他自家的炼气法门高明，略一打量便也不再上心；最后那炼神之法却正是他心喜之由。
炼气士的修为每进一步，自身法力便精纯一分，神魂也更凝练一分。直至到了元神境界，魂魄便能悉数与法力相合，从此便能打破肉身拘束，超脱寿限轮回，悠游天地长生不死。
而《先天混元三宝经》中所载的炼神之法，却是在修行路上另辟蹊径，大大有异于诸家炼气功法。修炼这一法门，完全抛开了法力与肉身，直接由神魂入手，锻炼心神念力。
此法由初习到大成，共分九重，一一对应炼气功法的九重境界，分是后天、先天、归元、合气、金丹、元婴、元神、合道、混元。
第一步凝魂，乃是依照秘法锤炼神魂，使其凝练；
第二步结念，便可借心念之力驱策外物；
第三步罡煞，却是取阴煞、阳罡与神魂相合，使念力壮大；
第四步出窍，乃指神魂能脱离躯壳而不消散；
第五步化身，乃指神魂修炼有成，可如元婴一般离体长存；
第六步元神，则与炼气修行中的元神境界一般无二，已不需再托庇于肉身，从此长存不灭；
剩下得三步已与炼气修士并无差别。
陆吾细细研读，发现这“一念成神法”对自家助益不小，只待修习有成，使神魂、念力壮大了，到时将心神与法力相合便轻易可成。且修炼这一功法另有好处，可使其法力与念力齐头并进，长生之路便又多了一份助力。
仙流之中也不是没有修这炼神之法的，譬如佛门密宗有一门“金刚念法”，便是驱使神魂念力加持自身，用来避易外魔；禅宗有一门“乘龙念法”，用以飞腾穿梭；仙流门户遁甲宗，擅使一门“土地神念法”遁迹挪移。
只是那几家的炼神之法并不完善，算不得完整道统，虽称是“法”，其实不过是一桩小“术”而已。《先天混元三宝经》中所载的“一念成神法”乃是真真正正的长生大法，以此为根本专一修行，却也能达成长生。
将炼气之法与炼神之法做了比较，陆吾心底有了明悟：“炼气功法入门艰难、耗时长久，但修为提升上一个境界，寿元便有增加，就算最终未能修成元神，也有千百年寿命享受；炼神之法入门容易，但以神魂修行风险却大，且若不能修成元神，寿元便与凡人一般无二，百年之后便归尘土了。这两样功法各有所长，孰高孰低却不好说。”
回程还要花些工夫，他当下无事，便依着“一念成神”的第一步功法在神幡之上修炼了起来。
闭目凝神，默念经文，在心中观想出自家身影，使其不断壮大，最终充斥天地。一番施为之后，他忽又睁开眼来，诧异道：“咦！怎地一下就成了……”
那玉简中说，初习此法总要费上一番工夫，何时能在观想中让自家身影充斥天地，感应方圆里许的诸般动静，这才算是入了门。陆吾却依法施为，却未费力便将周遭五里内的诸般动静悉数感应了个清清楚楚。
思量片刻，他忽地笑了，心道：“精、气、神三宝同在生灵身上，不管所修功法以其中哪样为主，对另外两样也有好处。
比方说以炼气为主，修炼出来的法力亦可滋养肉身、神魂；
以炼精为主，精血壮大之后，自身元气、神魂亦会跟着壮大；
而以炼神为主，得念力加持，操控起肉身、元气来便更得心应手。
我如今已有了合气境界的炼气修为，一身法力也算浑厚，神魂早得了滋养，再来修行炼神之法，入门自然不难。况且我是两世为人，那却也算是一种心神修行。”
想到这里，陆吾便开始琢磨“一念成神”的第二步功法。
约莫过了一炷香的光景，他在心中将结念的法门尽数吃透，随后便将目光落在路边一块拳头大小的石子上，心念一动，默念一声：“起！”但见那小石头陡然一震，旋即摇摇晃晃地飞来他面前悬停了住。
未用法力，只凭心念便能驱策外物，陆吾立时便迷上了这种手段。他一边驱使那小石头不住地绕圈飞旋，一边想到：“这炼神之术真个神奇！若是我修炼大成，日后见了不顺眼的，动动念头便搬起一座大山来压他，那该多爽利！”
便在这时，远处一阵法术攻杀之声，陆吾心中一惊，那小石头失了念力加持，顿时“啪嗒”一声落在了地上。驱使神幡躲到了隐蔽住，他运起目力遥遥望去，却见那争斗的人中有两个是自家相熟的。