至于到任的几位军机大臣离职后的安排，朱怡成自然也是妥善安置。其中廖焕之授太师，王东授太保，董大山授太傅，王樊授以少师。
除此之外，廖焕之依旧留在朝中为臣，朱怡成还给了他一个参知政事的加衔。所谓的参知政事，这原本属于唐朝时宰相加衔，后来宋元时期改为平章政事，前明开国时期因为宰相的设置也存在过一些日子，后来朱元璋废除宰相和平章政事，同时改地方参知政事为布政使，这个官位就不再使用。
但现在，朱怡成从故纸堆里把这个官位重新捡了起来，以加衔赐给了廖焕之，换而言之就等于设置了一个皇帝私人政事顾问一般的职务，这个官位虽然不是实官，但官衔却为一品，以示亲近和荣耀。
王东接替潘梦园去新明，董大山在军中职务依旧保留，同时又加左都督衔成为大明实际的陆军最高指挥官。
至于王樊，因为他强烈要求告老还乡，这些年他身为军机大臣和户部尚书，为大明可以说是尽心竭力。虽然王樊在朝野外的名声不比其他几人响亮，而且平日为人也颇为低调，但是朝中重臣心里都清楚，王樊是朱怡成的心腹之人，而且也正是因为王樊卓越的理财能力，才使得大明在起初几年财政极其紧张的情况下能够维持正常的运转，并满足军事方面的巨额开支需求。
正是因为这些原因，现在的王樊看起来要比当初要老了许多，整个人也显得很是憔悴。毕竟朝廷的大管家不好当啊，在起初的日子里，整个朝廷到处都要用钱，可收入却一直入不敷出，靠着手上仅有的资源维持着运转，也只有王樊才能做到这一点，而现在大明终于渡过了最艰难的时刻，每年的财政收入节节拔高，大明不再缺钱了，王樊也能够心满意足地离开朝堂。
原本朱怡成是打算把王樊同廖焕之一般留在朝中，可经不起王樊的几次要告老还乡的请求。所以，朱怡成最终只能答应下来，但给予他的荣耀却丝毫不少，同时还把皇家商行和大明皇家银行的大权交给了他，希望他能够在回江南后继续以私人名义协助朱怡成打理皇家的产业。
对此，王樊倒是很爽快地答应下来。就此他从一个朝廷重臣摇身一变，成了手握大明资本最雄厚，也最有实力的两大财团的当家人。这样的转变可以说是皆大欢喜，王樊也在离职之后没几日就兴冲冲地告别了朱怡成，然后坐船南下宁波，在老家呆些日子后就去上海赴任。
除去军机处的变动，自然还有朝廷部门的变动，那就是除六部外增设铁道部、商部、外交部这三部。
六部变成九部，各部尚书、侍郎等自然要逐一安排和任命，这些在军机处换届的同时一并进行。再加上五军都督府的实际职能改动，可以说永业十年初是大明朝堂变动最大的一年，也是奠基了朱怡成对未来大明整个框架改革的基础。
除去这些明面上的变动外，对于锦衣卫和通事处内部的调整朱怡成也着手开始。相比锦衣卫，通事处的变动却小些，不过通事处的主官提督四夷通事由原来的三品升为二品，以此同朝廷其他部门尚书包括锦衣卫都指挥使的官位职权相当，并且根据地域进行内部划分，设置五个司，分别对亚洲包括南洋、新明、欧洲、非洲和中东各地的情报工作。
锦衣卫方面的动作就要比通事处大些，张冉在朱怡成的授意下对锦衣卫进行了大刀阔斧的改革，以加强锦衣卫的控制和情报网络的工作。此外张冉的和邓秉同时被授中将军衔，再兼右都督之职，从而以确定这两个情报机构在军中的合法性，同时也便于在必要时候皇帝可以通过这两个情报机构插手和调查军方。
等做完这一切后，朱怡成就开始把目光投向了辽东，早在前些时候，同邬思道细谈过后的朱怡成已经下定了决心，准备先解决辽东问题，而这一次他任命统帅，并带兵的人不是别人，正是刚刚从军机大臣之位退下来的董大山。