第三阶段，针对新生经脉太过脆弱的问题，卡卡西有且只有一个办法，即时间。
从木叶临时医院出院，三个多月时间。每一次的体力恢复、体能锻炼，就是从肉身的层次提高新生经脉、新生细胞的生命强度；每一次的雷遁查克拉伪周天运行，就是从雷遁查克拉辐射周身的层次带动新生经脉、新生细胞的活性强度。其中，又以千鸟流雷遁查克拉的活性效果最为显著。
之所以会有千鸟流雷遁铠甲这样的忍术诞生，就是基于活性全身经脉、细胞的考量！
记忆很清晰，那是在暗部第六班一死、一重伤之后，一方面，卡卡西查克拉海出现的未知查克拉微粒；另一方面，卡卡西认识到自己的程度不足以应对全部的任务挑战。故而，在休整的时间里，卡卡西做了两个重要决意：
第一，千鸟流雷遁忍术更进一步的尝试；
第二，回应第三代火影，暂别任务一线。
预料中，第一个决意会具有相当的操作难度，因为九尾之夜前卡卡西就有类似的想法，但一直未成功实践；第二个决意相对无压力，因为三代猿飞日斩提出过让卡卡西退下来一阵子建议。
可是，世事难料。用了三天的时间卡卡西千鸟流雷遁铠甲草创完成，然而最后一天向三代目重新报道，却接受了三代火影的“继续任务”命令请求：
卡卡西继续任务的第十七日，卡卡西暗部第六班遭遇云忍小队，发现卡卡西班强大后，对方释放了象征“增援”信号弹。实际上，这是以生命为代价，向云忍早已在边境线就位的斩杀部队传递消息。
卡卡西继续任务的第二十三日，在火之国境内埋伏了六天的暗杀部队，发现斩杀目标。事后，仅一名云忍暗部上忍存活！
也就是这一次，卡卡西在战场上第一次结出了自己的雷遁铠甲。无论进攻性、防御性，还是从其速度性来讲，雷遁铠甲都没有辜负卡卡西的期望。只是查克拉消耗太过严重，待千鸟流雷遁铠甲散去之后，卡卡西久违用木叶护额遮住了自己左眼的三勾玉写轮眼，短时间内，卡卡西已然彻底失去了战斗能力。
而且，麻烦的不仅如此。卡卡西千鸟流雷遁铠甲的施展成功，借用了一定量本该属于写轮眼的查克拉。在雷遁铠甲消散过后，带有写轮眼邪恶意念的查克拉就近渗入到了卡卡西的四肢百骸，未曾纳入查克拉运行周天的待恢复经脉、细胞，也未能例外！
那以后，卡卡西便再未陷入到查克拉不支情况，卡卡西自己也不会主动让体内查克拉下降到危险程度。这是一个绝对意料之外的发现，吸收了写轮眼查克拉的经脉、细胞，竟然有向周围扩散、感染的趋势，情况在未恢复经脉、细胞尤其严重：虽然过程缓慢而微弱，但绝对不允许忽视！
原本，卡卡西想要靠体能锻炼继续提升待恢复经脉、细胞的生命强度，让千鸟流雷遁查克拉继续增强待恢复经脉、细胞的活性强度。待生命强度、活性强度到了一个很高地步之时，再开始最后的阶段。
第四阶段，也是最后一个阶段：辅以封雷印法，将杂乱且无序的新生经脉重新纳入到最初的十二经脉周天之中。
自卡卡西担任三代火影护卫开始，他就暂时性放弃了普通查克拉伪周天、雷遁查克拉伪周天。当白天护卫任务结束后，卡卡西就会全功率进行一次千鸟流雷遁铠甲的释放。这样的情况已经坚持很久了，雷遁铠甲的锻炼倒是其次，关键是千鸟流雷遁铠甲带来全身细胞活性化。
当雷遁铠甲结束，便是卡卡西以封雷印法牵引经脉之时。封印查克拉在本质上无属性查克拉，之所以选择从封雷印法开始，只因为这个研究的比较深入。在卡卡西的房间，摆满了人体查克拉经络、封印术示意图及备注…
只可惜，即便选择了火影护卫这一个最清闲工作，卡卡西依旧逃不开突如其来的任务。木叶的暗流汹涌酝酿到了一个极致，表现出来便是…