刘秀所进入的都城洛阳，当时还是一座孤城，南面的南阳和颍川两郡，都还在更始朝的手中，对洛阳的稳定，随时起着威胁的作用。于是，刘秀决定，南下攻取南阳和颍川两郡。
刘秀命贾复去攻打颍川郾城，而命令吴汉与坚谭、万修去攻打南阳。
吴汉率领着汉军，连克了宛城、涅阳、郦县、襄城、新野等地。又在新野以南击败了南郡的秦丰一部。可谓是节节胜利，但他纵容部下抢掠乡民，搞得民怨沸腾，对新野的破坏尤为严重。正好刘秀的手下破虏将军邓奉回乡探亲，见到这种情况不由得怒火万丈；“你们这些河北汉，竟然欺负到老子的头上来了。”他便聚起了宗族乡民，对吴汉进行了反攻，他们尽获了吴汉的粮草辎重，屯聚在了淯阳。
吴汉被迫退了兵，万修也病死在了军中，坚谭困守着宛城，鄧奉便趁机攻城略地，控制了南阳郡的大部分的地区。
因为刘秀不得不倚重河北集团，而南阳集团与河北集团又矛盾重重。邓奉便一不做二不休了。他干脆联合了延岑、董欣、秦丰等势力互相通气，震惊了整个朝野。
这刘秀真的是气到极点了，好不容易有这样的大好局面，你们倒自己在自己的家里火拼了。虽然吴汉先错，但邓奉以错对错、错上加错。于是十一月，刘秀便派征南大将军岑彭，率领着朱祜、贾复、耿弇、王常等将领，率领着大军，去讨伐邓奉去了。
岑彭猛攻着堵乡，因为这里是南阳的门户，因此邓奉和董欣合兵一处，进行了激烈的对抗，双方连连相斗了数月，但仍是难以分出胜负。
在邓奉事件发生的同时，贾复与阴识、刘植率军攻克了颍川后，转兵锋于汝南，刘秀便改任了冠恂为颍川太守署观着郡务。贾复的部将在颍川杀了人，冠恂执法如山，将那个部将在市场上斩首示众了。
这战争的时期，往往法纪都没有这么严的，往往都没有这么认真的，再加上两大集团本来就矛盾重重，贾复便发出了狠话：“我跟冠恂官职并列，现在被他羞辱，此仇不报非君子，我一定要亲手杀了冠恂。”
但冠恂是个很明白的人，他故意躲着贾复、冠恂的手下不满了，要求带剑护卫冠恂，以防遭到贾复的伤害，但是，冠恂却说：“当年蔺相如不怕秦始皇，却躲着廉颇，是为了国家的安定，我怎么能连古人也不如呢？”他还下令各县沿途欢迎贾复，自己却称病不露面，贾复还是余怒未消，喝了酒吃了肉，还要找冠恂算账，但他的将士们都喝醉了，他也只得作罢了。
刘秀亲自给冠恂和贾复进行了调停。他先劝贾复：“君文啊！你我同乡，从小就认识，我们都是从小读诗书的人，我让你做破虏将军，做执金吾大将，这都是我以前做过的呀，我就是待你像自己一样啊！现在大敌当前，一定不可以意气用事啊？再怎么说，冠恂也是秉公办事啊！”
刘秀又同时叫来了冠恂，冠恂一进殿，见贾复已经在座了，就转身准备离开，但刘秀叫住了他，对他们说：“如今天下未定，你们两虎相斗必有一伤，朕既不能少了你，也不能少了他，因此朕特来和解。”
贾复同冠恂都是读书人，也都是通情达理的，皇上出来劝解，还有不服的吗？于是这最大的一件内乱的事情，终于给刘秀解决了。
刘秀派邓隆前去征讨彭宠，却被彭宠杀了一个片甲不留，岑彭于是带兵包围了蓟县，蓟县被岑彭包围了一年多，城中的粮食都早已吃净，紧接着天上的麻雀，地上的老鼠也都被吃光了，许多家人家便易子而食。每家人家死了人，都不敢哭，因为一哭，邻居便会知道，那死的人就会被邻居吃了。据说二十年后，有一名守卫蓟县城的老卒，退休后赋闲在家，那一天正从茶馆里出来。突然有一个三十来岁的青年，在大街上拦住了他，并在他的面前点着了香和烛。街上的众人不明所以，围了一个水泄不通。那个三十来岁的人，跪在了那个守城的老卒的跟前，不往地磕起了头来。那个老卒把他拉了起来，问他为何原因，谁知那个青年说了一番话，把围着的众人，直笑得牙齿都掉满了一街。
那个青年说：“二十年前，我躲在房间里，亲眼看见你吃了我的爹，我不敢声张，怕你连我也吃了，今天是清明节，按理我要祭扫祖坟，但我的父亲在你的肚子里，所以你的肚子就是我的祖坟了，那我不这样祭，你能叫我怎么祭呢？”
这可见当年蓟县被围的惨烈的情景了。
朱浮在最后的时刻，杀了自己的妻子，正准备自杀的时候，下属来报说耿况来救，他在耿况的帮助下，才单骑逃回了洛阳。
刘秀的亲人没有几个了，刘良是他的亲叔父，又是从小养育他长大的，而朱浮是刘良的故旧，按律朱浮乱治幽州，逼反了彭宠，劳动王师多次远征，又不敢以死明志，但又怎么样呢？刘秀任命他为执金吾大将，负责京师的治安了。
彭宠也没有好的下场，他总觉得火炉下面有蛤蟆叫，但扒开寻找却什么都没有，他去算了命，算命的说这是内乱的征兆，他想了又想，觉得最有可能是自己的堂弟彭子后，于是就让他出外带兵，无事不得入见。
彭子后受到了彭宠的猜疑，决定先下手为强，他暗中买通了彭宠的三个家臣杀了彭宠，拿了彭宠的脑袋去了洛阳，拖了四年之久的彭宠的渔阳之乱，终于被划上了句号。