南居益在前线支挥着战斗，被皇帝突然叫自己回去的事情虽十分厌恶，但也无可奈何。他与俞咨皋等将领交待各待事宜后，便乘船返回福州；不知是怎么搞的，皇帝仅是召他议事罢了，但这现场的气氛却像是十二道金牌召回似的。
其实在一般时间的接触接后，南居益对朱由校的印象早已大为改观；但作为一个能干的传统官僚，在他看来皇帝的部分行为还是太为荒诞，让人琢磨不透。
天启二年12月21日，南居益返回福州，被皇帝召见议政。
在这几日的时间冲刷下，朱由校终于是摆脱了心魔，坚定了自己内心的道路。他不能保证给大明子民带来幸福，民生改善，但可以保证一定让后金被“犁庭扫穴，绝尔种族，筑尔尸以为我观。”毕竟对此时的中国而言，难道还存在比被满清征服更差的结果吗？
异族征服王朝压制土著进走，造成社会的会面退步是必然的。就像在恩格斯的《反杜林论》所说的那样“每一次由比较野蛮的民族所进行的征服，不言而喻地都阻碍了经济地发展，摧毁了大批生产力。”
马克思也曾说过:“满清王朝实行这种闭关锁国政策的更主要原因是它害怕外国人会支持很多的中国人在十七世纪的大约前半个世纪里即在中国被鞑靼人征服以后所怀抱的不满情绪。由于这利原因，外国人才被禁止同中国人有任何来往。这些贩卖“秩序”，企图扶持摇摇欲坠的满洲王朝的列强恐怕是忘记了:仇视外国人，把他们排除在帝国之外，这在过去仅仅是出于中国地理上、人种上的原因，只是在满洲鞋靼人征服了中国以后才形成为一种政治原则。”
在谷底时，做什么都是上升，这让朱由校恢复了信心：不论他把历史引向了何方，再差能比原历史差吗？
“陛下，南巡抚到了。”小太监的话打断了他的思绪。
“还不快快请他进来。”
一番君臣礼仪之后，二人正事开始了话题。
“陛下，目前我军形势大好，红毛夷是困兽犹斗罢了，不足为患。不知陛下召臣回来，是谓何是？”
南居益当然知道，皇上找他的事应该与前线军情无关。但他还是提前发问，为的就是掌握话语主动权，毕竟皇上的思维太过跳脱，实在是天马行空，很难跟上。
“爱卿办事，朕很是放心。此次南巡，朕收获良多，明日便要再次起程了。只是这次在福建在有一些事情还要托付给你了。”
“为陛下分忧是我等作臣子的本份。”
“嗯，朕观之，今日福州之要事有三：一曰关税；二曰奴变，三曰海患。这些事都需要爱卿的观注。”
南居益点了点头，对其表示支持。大明朝廷的财政问题已经刻不容缓了，陛下想要抓紧税务也是应该：多收关税总比加增田税要好；但如今史治之腐败，想要改正，绝非一世之功，于是顿感压力。