皇帝南巡，就意味着要修建行宫，黄土铺路，净水泼街，这对国家的经济有很大负担。历朝历代，皇帝外出巡狩，都是一笔不小的支出（晚唐，晚清除外），以前在大明的财政状况，内阁的拒绝是情理之中的。
历史上，乾隆六下江南，累计花费白银二千余万两，前后修建行宫三十余座。甚至为修路盖宫殿，强占良田土地，使沿途农民流离失所，民不聊生。
乾隆三十年南巡时，他亲眼瞧见官员们拆毁民屋以建行宫。当场热烈表扬了官员们的“孝心”，加官进爵，赏银两万两。
大臣尹会一上奏章说南巡造成“民间疾苦，怨声载道”，乾隆大火：“民间疾苦，你指出什么地方疾苦？怨声载道，你指出什么人载道？”（“汝谓民间疾苦，试指何人疾苦?汝谓怨声载道，试指何人怨言？”《清代通史》）
纪晓岚曾趁便称江南人民的财产已经枯竭，乾隆怒斥：“我看你文学上还有点能力，才给你一个官做，其实不过当作娼妓豢养罢了，你怎么敢议论国家大事？”。（“朕以汝文学尚优，故使领四库全馆，实不过以倡优蓄之，汝何敢妄谈国事！”）
当然，穷奢极欲至此，中国历史上也仅有满清这一例，不过，历史上其他皇帝的南巡虽然程度、规模远远不及，但性质别无二致。
再加上大明本朝，就有一个正德皇帝南巡闹出了不小的乱子，内阁的心里可是一片阴影，对这个负面例子以史为鉴便，更不可能同意了。
当然，朱由校自然是不可能这么轻易放弃的，更何况，他的南巡并不是为了享受，而是视察。
他把自己的计划整理成案，派人递给了内阁，内阁尚未作出答复：
为了以免劳民伤财，所以朱由校决定并不修建御道与行路，不走陆路，直接走海路；内阁由此对安全问题表示怀疑。
至于行程，朱由校打算先去辽东犒劳军队；然后再去一趟朝鲜；随后去山东查看灾后重建的情况，之后先去南京休整一下，最后去福建视察移民和海防，再去广东广州，查看海贸。
在这里顺便说一下，山东的第一批移民总共只有二千户，不足万人，目前已经在辽东扎了根儿。而第二批移民，经朱由校和内阁商量，放弃了根本制定的继续移民辽东政策。他们当时只想到辽南人口稀少，却没有想到从后金有大量的难民逃回了明朝的实控区，导致现在那里人口激增，土地承载能力已经十分有限。最终朝廷决定，第二批山东移民暂定三万人，移民朝鲜。
内阁对朱由校的南巡计划，仍然抱有抵触的心态，但他坚持如此，事件一时间陷入了焦灼。