“宝岛号”破虏级战列舰的加入，直接将整个南海舰队的实力提升了一个档次。
郑芝龙在卢象升的帮助下，对整个南海舰队进行了重组。
构建了以六艘铁甲舰为核心，辅以荷兰与西班牙三级风帆战列舰以及大明鸟船的战斗舰群。
彻底摒弃了原本的“小，多，杂”舰队发展模式，以“大, 精，快”为主要的发展理念。
“大”就是以大船为主，不是不需要小型战船，而是要新开发速度更快，战斗更猛的“炮艇”。
新型舰队要进行彻底的改革，务必做到定职定岗，要建设一个专业化的舰队。
当然, 以现有人员的水准, 想要完成这一转变并不能完全做到。
所以朱由检的旨意之中, 还有一条。
“在松江府成立皇明海洋军官大学，招收十六岁到十八岁的少年进行为期三年的舰船，海洋，测绘，数学等方面的知识学习，培养专业的人才。
初步招收学员名额是一万人，成功拿到毕业证，即刻获得一等中士军衔，成绩优异者，最高可由海军大学直接授予一等上士军衔。”
以水师为试点，在原有的大明武勋阶层制度之上，确立新的军衔制：
正一品上柱国，从一品柱国；正二品上护军，从二品，护军；正三品上轻车都尉，从三品轻车都尉；正四品上骑都尉，从四品骑都尉；正五品骁骑尉，从五品飞骑尉；正六品云骑尉, 从六品武骑尉；正七品一等上士，从七品二等上士；正八品一等中士，从八品二等中士；正九品一等下士，从九品二等下士。
军官衔最低等为二等下士，从九品。
除了军官之外，士兵之中自上而下分为：上等列兵，一等列兵，二等列兵三级，刚入职的士兵就是二等列兵，表现平平，无军功晋升的，满五年可以自然升为二等列兵，十年为上等列兵。
部队里不可能所有人都能立下什么封侯拜将的军功，但在这战争不断的时期，就算是混，也不至于十年才能混到上等列兵的程度。
参加一场战役，分润的军功就足以晋升军衔了。
军衔制度颁布之后, 即刻采用双俸禄制度，即按照该军官或者士兵所担任的职务发放一份工资, 再按照他的军衔发放一份工资。
按照军衔所领的俸禄不享受季度福利累积，并且只有相应品级武官的一半。
这已经很不错了，相当于多发六个月的工资，大家算清楚之后，纷纷主动加入到南海水师舰队之中，想要成为一名水师官兵。
而皇明海洋军官大学的招生处更是人满为患，郑芝龙不得不派出了陆战营去维护松江府那边的秩序。
崇祯二年六月二十五号，郑芝龙以东南道军机大臣的名义，向澳门居住的葡萄牙人下达了驱逐令。
“责令非法居住在澳门地区的非大明户籍百姓在三日内离开澳门。现给出以下两个选择：其一，乘坐葡萄牙船只离开大明海域，回到欧罗巴或者其它非大明国土上定居；其二，乘坐大明战舰前往台岛，以外国移民的身份，接受当地安排，通过工作等方式获得外籍大明户口。
三日之后，南海舰队将对澳门非大明百姓进行武力驱逐，后果自负！”
西历1513年，葡萄牙船长豪尔赫·阿尔瓦雷斯抵达大明沿海，但直到20年后，葡萄牙的船只才获得明朝皇帝的许可，能够停泊在澳门附近的港口。
这个时候，葡萄牙商人和水手每晚必须返回船只休息，因为他们无法在明朝土地上建造任何建筑物。