崇祯二年正月十八，郑芝龙大破海盗李魁奇，获其船只，部分水手，手下势力扩张四成。
而后一个月之内，接连剿灭四处小规模海盗，船只总数量突破两千之数。
二月二十二日, 在郑芝龙率军覆灭钟斌所部海盗之后，东南海域还能够与之抗衡的海上势力只剩下两个。
一个是以刘香为首的海盗团伙，刘香是广东布政司南丫岛人，本来是郑芝龙“十八芝”成员之一。
因拒绝降明遂与郑芝龙决裂，现在是佛朗机也就是西班牙、葡萄牙在大明的买办代表。
另外一股就是盘踞在台岛，在最南端建立热兰遮城的红毛鬼, 荷兰人。
这两股势力都不好对付，毕竟其背后站着的欧洲国家, 就算是派来远东的这些战船，其性能上也要比大明现有的三桅福船好得多。
而且，如今大明东南部的海船，其上面的火炮也没有跟随朝廷那边同步更新，火力上与欧洲也是差别很大。
正面作战，少量欧洲战船，就可以压着大明东南水师打。
在历史记载之中，郑芝龙能够打败荷兰人，主要依靠的就是人多船多，再加上抢来的一些欧洲战船作为主力，方才以巨大的代价获胜。
而这种大量的牺牲在现在的大明自然是不被允许的。
每一个大明官军的生命都是宝贵的。
所以，暂时性的，郑芝龙并不打算主动挑衅他们。
还有一个原因，二月二十号，卢象升率领三千军务兵团成员来到福建, 开始军制改革。
郑芝龙来这里之前, 朱由检已经把关于东南沿海地区军改的消息传达到了福建地区。
取消卫所, 原有的总兵官职位取消, 全部并入南海水师之中。
但郑芝龙刚来, 没有直接动原有的兵制。
一方面是为了集中精力对付海盗，掌握更大的制海权，另一方面就是在等待卢象升过来。
对这位能臣，他早有耳闻，军务兵团的威名，从那些新军口中也可以听出来。
等到这些“专业的人”过来，对东南的军制更改，就可以更加顺利了。
在这东南地区，官僚，士绅以及海盗构成了一个紧密的利益团体，这里的官僚也是包括那些军官在内的。
只需要上下打点，他们就可以睁一只眼闭一只眼，任由一些听命于某些士绅的海盗劫掠地方，进而垄断海洋贸易权，让沿海的渔民无法生活，只能成为其中的一份子。
郑芝龙先灭了大部分的海盗，到现在已经触动了他们敏感的神经。
不过，郑芝龙作为南海水师总兵, 本身掌握了那么强大的舰队, 即使有些不忿或者其它的想法，也没有能够付诸行动。
而军改开始，他们却可以动一些手段了。
当然，他们的做法也就是暗中煽动那些普通士兵的情绪，让既得利益的土著军官们带着那些不知道事情真相的士兵反抗。
关于这一点，卢象升刚到，郑芝龙就向他反馈了问题。