朱燮元等人平定贵州水西叛乱用时说长不长，但说短也不算短。
这段时间，大明边境到处都是烽火。
崇祯二年二月初四，孙传庭接到了朱由检的命令，向西北进军。
嘉靖年间，明朝的国力衰落.
在西北地区，其西北的蒙古王公基本不再接受明朝的册封, 吐鲁番国兴起，吞并了哈密，明朝的势力只能退守嘉峪关，完全退出了西北。
此时蒙古和硕特部进入明国西部，战胜漠西蒙古土默特，鄂尔多斯部等, 占据了青海地区。
西北则是由东察合台汗国分裂而成的叶尔羌汗国和吐鲁番汗国占据。
青藏地区则是建立起来了藏巴汗王朝。
这个时候对西域进军，并不能保证战争绝对的胜利。
想要真正把西部和西北地区掌握在大明帝国手中, 还是如同之前那样设置宣慰司，安排宣抚使或者册封属国是不行的，必须要做到设立州府，直辖管理。
而进入这些地区，必须要克服的，则是道路上的崎岖和荒芜。
孙传庭接到朱由检的旨意是“先稳住西北基本盘，而后图青海，复关西七卫地区，再与朱燮元等部联合，覆灭青藏王朝”。
稳住基本盘，也就是对嘉峪关之内的关中地区进行有效地管理。
所以，前期的战略，并非是以作战为目的。
孙传庭率领秦军进入陕西行都司地区，沿途整顿各卫所军伍，在随行的军务兵团的帮助下，完成对嘉峪关之内卫所的废止和重新安置。
由这些卫所兵和新招募的士卒，以及一部分秦军，重组成为“西北军”，人数是两万人, 和秦军两万人一起对陕西行都司地区进行驻守和建设。
重组的西北军，由刚册封的甘肃总兵杨嘉谟统领。
杨嘉谟一生戎马生涯四十年，在原历史中，他是明末功德昭著的名将。
他是北宋名将、世称“金刀令公”“杨无敌”杨业的后裔，也就是北宋传奇将门杨家将的后裔。
终明一朝，杨嘉谟及其祖宗八代祖先世居凉州，镇边守土，保卫大明江山270余年，立下赫赫战功。
孙传庭进入凉州之后，先宣布了皇帝对杨嘉谟的封赏。
“念杨家之功，册封杨嘉谟为西北伯，甘肃总兵，挂平羌将军印，封其妻为二品诰命夫人，子嗣选适龄者入京师大学堂学习，赏银一万两，赐‘世代忠烈’匾额，于凉州建立杨氏忠烈祠, 享香火供奉。”
西北军的骨干多是凉州军，也就是杨嘉谟所率领的军队。这一支全新的军队让他率领，对他来说就是皇帝对其信任的体现。
而且，皇帝还给了如此丰厚的赏赐，封妻荫子，光宗耀祖，权力，地位，面子，银子，全都给了。
皇帝对他这么好，直接把这位老臣感动得当场就要出兵西域，大有一副要为国捐躯的架势。
还好孙传庭拦住了他，然后与他好好谈论了一下朱由检的西域战略。
现在杨嘉谟的战功并不显著，朱由检计划等他获取了一定战功之后，就将其封为军机大臣，加入到西南军机处。