李渊被长孙顺德带人“护送”回太极殿中，尚书左仆射裴寂、陈叔达和封德彝等近臣陪同，而李世民则忙着指挥人手控制皇城，清理东宫和齐王府的残余，激烈的战斗还在继续，太子李建成毕竟经营多年，忠于他的力量还是不弱的，要不是李世民抢占先机，成功杀死了李建成和李元吉，令到太子党一方群龙无首，最后鹿死谁手还未可知呢。
时间一分一秒了过去了，李渊在太极殿中一言不发，足足沉默了近两个时辰，这才如梦初醒般叹了口气，对着裴寂等人道：“不料今日竟发生这种事，诸位卿家以为该如何处置？”
裴寂和陈叔达均暗叹了口气，两个时辰都过去了，外面的杀声越来越小，显然大局已定，太子党已无力回天了，而太子和齐王均已死，即便太子党打赢了又能怎样？顶多把秦王杀死，不过如此一来，大唐就更要伤筋动骨了，还是得大局为重啊！
所以裴寂恭身小心翼翼地道：“当年皇上在晋阳首举义旗起兵时，建成和元吉并没参与谋划大事，而皇上入主关中后，建成和元吉也没有多少功劳，他们妒忌秦王的功劳大，威望高，散播谣言污蔑秦王，又勾结秽乱后宫，试图置秦王于死地，如今秦王被逼反击杀死他们也是无奈之举。”
陈叔达接口道：“秦王功盖天地，天下归心，皇上若下定决心立秦王为太子，将国家大事托付给他，就不会再生事端了。”
李渊面色变幻不定，用毫无情感的语气连说了三个“好”字，点头道：“二位卿爱所言，这正是朕一直以来的想法。”
裴寂和陈叔达都是李渊身边的近臣，此刻自然都听出了李渊的无奈、悲痛和愤满，但是如今这形势，还能有更好的办法吗？秦王此举虽然狠辣，但大唐江山落到他手里终究还是姓李的，而且秦王雄才大略，大唐在他手里必然能够发扬光大，这无疑是不幸中的万幸。
长孙顺德眼底闪过一丝喜色，恭身道：“皇上英明，不过如今建成和元吉的余孽还在负隅元抗，为免不必要的死伤，还望皇上马上下一道圣旨，命各军一律听从秦王的处置，否则自伤残杀之下，我大唐必然元气大伤，最终只会让外人得利。”
李渊瞥了长孙顺德一眼，澹澹地道：“好！”
很快，李渊便颁布了一封圣旨，命令长安城所有军队皆留守驻地不得妄动，听从秦王的处置，谁若私自调动兵马，一律按谋反论处。
李渊的圣旨一下，长安城内的动乱很快就平息了，再加上李世民发布安民告示，只诛东宫和齐王府首恶，其余人等一概不咎，所以忠于太子和齐王的势力都纷纷放下武器投降，而东宫和齐王府的嫡系要么逃出长安城，要么跪地投降请罪。
很快，天策府的骄兵悍将便攻入了东宫和齐王府，也不用李世民吩咐，麾下的人就十分自觉地把太子李建成的五个儿子，还有齐王李元吉的五个儿子都全部杀死了，斩草除根，不留后患，而太子府和齐王府的女卷则全部没入宫中。
李世民以雷厉风行的手段诛灭了太子和齐王一系的顽抗势力，牢牢地控制住了整座长安城，第二日，这才来到太极殿见李渊。
扑通！
李世民身上的血腥味还没散尽，推金山倒玉柱般跪倒在李渊跟前，红着眼抱头大哭。李渊嘴唇一阵哆嗦，缓缓地蹲下来扶着儿子李世民，最后父子二人一起抱头痛哭，李渊的双手青筋条条贲起，就像铁钳一样抓在李世民的腰间，后者觉得很痛，痛哭得更厉害了。
良久，李渊才拍了拍李世民的肩头安慰道：“世民，父皇知道你的心里难受，但是这不能怪你，都是建成和元吉咎由自取，他们死有余辜，死不足惜啊！”
李世民抬起头，泪流满面地道：“儿臣……”
李渊打断道：“你不必说了，起来吧，国事为重！”
李世民眼中闪过一丝羞愧，点了点头站起来。
第二日，李渊颁布诏书，立秦王李世民为太子，并且宣布从今天起，所有国家事务，无论大小都交给太子打理，而他自己正式退居二线。
半个月后，李渊又宣布撤消天策府，为李世民登基作准备。
大唐武德五年五月初六，李渊宣布退位，将皇位传给太子李世民，后者推辞，李渊不允，自封太上皇，继续居住在太极殿。