编剧们绞尽脑汁编出了后两部，导致吃书严重，很多角色也降智了。故事整体构架虽然没有问题，不过细节上还是有过于牵强的。如果把无间道Ⅰ和无间道Ⅱ、Ⅲ放在一起看，可以明显发现剧情存在前后矛盾，甚至可以说是割裂的……
比如说电影中在倪永孝被黄志诚一枪爆头后，影片中的陈永仁眼神怒火冲天，下意识地便要扑向黄志诚和韩琛，明显想要把他们打死，为哥哥报仇，结果在无间道Ⅰ里又和黄志诚如莫逆之交，还卧底到了韩琛这边。
这是很不合理的，既不符合人物性格，也不符合剧情走向。
因为在倪永孝死了以后，陈永仁无论凭能力还是血脉的兄终弟及，都有机会成为三合会龙头，让帮派变成一个由警方控制的三合会，或者暗地里配合警方彻底摧毁三合会的势力，堂堂正正恢复警察身份，这是最符合利益的。
在这过程中，韩琛根本威胁不到什么，他在香港的势力早被倪永孝清除了，就算有泰国人撑腰，也绝不会斗得过血统正、能力强、根基深，加上警方暗中支持的陈永仁。
可陈永仁和香港警方偏偏脑筋碰线或者说编剧为了衔接《无间道Ⅰ》的剧情，只能硬生生让陈永仁放着卧底成黑老大这条康庄大道不走，反而向韩琛投诚，交出了全部地盘和人马，自己心甘情愿去当韩琛手下一个小弟，继续卧底，试图扳倒韩琛。
韩琛也是脑筋有问题，他害死了倪永孝，屠尽了倪家老小，还敢让陈永仁这个唯一的倪家血脉留在自己身边做事，简直是弱智中的弱智，他是真不怕陈永仁随时反水把他灭掉。
反观陈永仁，他也是真够勇，丝毫不怕韩琛把他这个倪家独苗顺手拍死……
还比如说，陈永仁在发现刘建明是韩琛派的卧底后，立刻走掉并与刘相约天台，来了一场个人英雄主义的决斗，却被韩琛派出的另一个卧底大B一枪爆头……这明显是电影为了设计高潮，为了悲剧而悲剧设计的桥段。陈永仁当时明明有一万种可以恢复警察身份，并揭穿刘建明的办法，唯独选了最蠢的一种。
以及在无间道Ⅰ影片开头，韩琛居然把几个卧底都召集在一起给他们敬酒送行，这操作堪称智熄，完全违背卧底单线联络的规矩。而在后续，刘建明那五个卧底一起喝酒践行，一起警校同学，一起卧底在警局，居然也能互相不认识……诸如此类的‘错误、硬伤’，无间道三部曲里还有很多很多。
最不应该的，就是倪永孝和韩琛这两个黑社会居然敢杀高级警司，而且采取的方式一个是汽车炸弹，一个是从高空把人扔下来，都是大庭广众下恶劣影响极大的。这真是自寻死路，黑社会归根结底是为了获取利益，是搞生意，不是玩恐怖袭击的恐怖分子。从他们做出这种举动之后，唯一的下场就是灭亡，没有别的结果。
实际上现实里的香岛，不论什么时代，黑社会也不敢动警察。两者地位差距非常悬殊，哪怕被最低阶的巡警扇耳光，最嚣张的帮派成员也只能服服帖帖的站着。
那些O记（全称有组织罪案及三合会调查科）的探长时常就会把各堂口的老大叫过去，当着其小弟的面把他们老大训的跟狗一样。
所以，无间道这部电影，全都是编剧构架的玄幻背景，用来体现黑白对抗，善恶对立，卧底两难心理用的。当然，这就是纯属和电影战设定了，鸡蛋里挑骨头，来一句架空位面完全可以解决这些问题……
“以电影来说，戏剧性和逻辑性上找到完美的组合是相当困难的事。所以妥协之下，从商业角度来说，当然是戏剧性更重要，后者可以部分被舍弃。”
李寻安挑了一堆电影中大大小小的剧情漏洞和硬伤，听得陈永仁头皮发麻，最后还做出了总结。
“而真正的生活嘛，很复杂，比电影更讲逻辑，也更荒诞离奇。当然不是编剧和作家那贫瘠的大脑所能描绘出来的，你说是不是？”
“……嗯。”
陈永仁沉默片刻，点了点头又望向窗外，扯动嘴角露出一个不是很由衷的笑：“陪我出去逛逛吧？难得来一次。如果可能，我其实挺想看看现在的香港，还有那个长得和我一样的演员。”
李寻安不置可否：“皇家警察陈sir，你没有港澳通行证，所以就不要多想了。”