与程仲地详细商议之后，邓世秋决定留下三千人驻守夔州府城，不管怎么说，这里都是进入四川的东大门，而且大江从夔州府顺流而下，万一张献忠选择从重庆乘坐木船逃出四川，兵力太少根本挡不住，所以夔州府城这个口子必须要牢牢的守住。
俘虏的近三千大西军军士，就地留下了一千人，春耕时节马上就要来临，因为数次的战争，以及土匪的骚扰，夔州府城人口锐减，大量的土地很有可能荒芜，留下一千俘虏耕种土地，可以尽量减少抛荒的土地，亦可以为来年尽量多收粮食打下基础。
大军前往云阳和万县而去的时候，程仲地的脸上也露出了笑容，虽然攻占夔州府城的战斗没有能够用上力，不过俘获了张献忠派遣到夔州的大西军军士，缴获了他们携带的文书与令牌，加上刘进忠不遗余力的帮助，对于接下来的征伐肯定大有作用。
这一点在云阳很快体现出来，程仲地手持张献忠的令牌，带着刘进忠等人，兵不血刃的拿下了云阳码头和城池，驻守云阳的一千大西军新营的军士，也成为了俘虏。
在云阳留下一千名军士和一千名大西军俘虏之后，船队朝着万县而去。
邓世秋与程仲地的春节是在船上渡过的，如果不是身边军士的提醒，他们差点就忘记春节到来了，两人仅仅是喝了一碗酒，不约而同的祝愿接下来的战斗顺利。
夔州府所辖的万县，地形有些特殊，走水路可以继续乘坐大船前往重庆，走陆路则可以直插顺庆州，地理位置很重要，几乎不亚于夔州府城。
张献忠派遣了五千军士驻守万县城池，他们同时控制万县县城和码头，这五千大西军军士之中，有一千老营的军士，由一名游击将军指挥，其主要任务就是固守万县码头。
邓世秋和程仲地颇为紧张，四川总兵秦良玉将会在万县等候，不知道秦良玉是不是发起了对万县城池的进攻，或者是对万县码头的进攻，如果出现这样的情形，不知道万县码头臣了什么样子，会不会有很多大西军的军士守卫。
还是刘进忠的话语彻底打消他们的顾虑，刘进忠告诉邓世秋和程仲地，万县城池高大坚固，秦总兵不大可能直接进攻，其麾下的白杆兵擅长在山林里面作战，不习惯攻城拔寨的战斗，数月之前秦总兵率领白杆兵，前往夔州府城作战，损失了数百人，也没有能够拿下依斗门，至于说万县码头，守卫更加的森严，秦总兵麾下的军士数量不足，也不会贸然进攻。
刘进忠还告诉邓世秋和程仲地，完全可以利用张献忠的令牌，一举拿下万县码头与城池，且万县码头与城池里面都存有不少的粮食，张献忠攻陷夔州府城之后，将整个夔州的粮食几乎全部集中到了万县，还留下了一些钱粮，从某种意义上来说，万县就是整个夔州的中转站。
一番紧急的商议之后，邓世秋做出了决定，依旧由程仲地率领两千军士，手持张献忠的令牌，前往万县码头，以迅雷不及掩耳之势控制驻守码头的大西军军士，拿下码头之后，不要耽误时间，直接前往万县县城，骗开城门之后杀进去，万县城内仅有大西军新营四千军士，战斗力不是很强，完全可以直接拿下。
老天都在帮忙，船队抵达万县的时候，正是清晨，江上大雾，能见度很低，这就让万县码头驻守的大西军军士看不见有多少的船只，守卫的军士看见了张献忠的令牌，看见了驻守夔州的新营参将刘进忠，丝毫没有怀疑，热情的和众人打招呼，让众人上岸。
眨眼之间，十多名大西军军士被包围和斩杀，甚至来不及发出喊叫的声音。
十五名江边巡逻的大西军军士，亦被迅速的包围和斩杀，刘进忠甚至都动手杀了一人。
不过一刻钟左右的时间，两千军士完全控制了万县码头，封堵了万县码头前往县城的道路，几个拼死想着逃到县城去报信的大西军军士，被毫不留情的斩杀，码头驻守的大西军军士，刚开始奋起反抗，不过在领头的游击将军被无情斩杀之后，绝大部分军士选择投降。
邓世秋率领部分军士上岸的时候，程仲地已经做好了前往万县县城的准备，两人简单的碰头，程仲地率领五千军士扑向万县县城。
拿下万县城池的战斗更加简单，简直就不算是战斗，仅有守卫城门的几个大西军军士被斩杀，新营的四千名军士，听闻码头被占领、一千老营军士全军覆没的消息，乖巧的放下了手中的兵器，全体投降，包括新营参将，同样选择投降。
万县城池与码头共有存粮两万三千石，黄金白银折合五千两，这个数目令邓世秋与程仲地颇为吃惊，张献忠居然从夔州搜刮到这么多的粮食，可以肯定的是，凡是撞到张献忠枪口上的士绅富户，无一幸免，家破人亡的同时，钱粮也被搜刮殆尽。
邓世秋刚刚抵达万县城池，斥候就前来禀报，四川总兵秦良玉，及其麾下的两千白杆兵军士，就在距离县城二十里地的某个村里等候，他们已经知晓朝廷大军占领了万县码头与城池，秦良玉骑马正朝着县城而来，两千白杆兵军士跟随其后。
邓世秋看着程仲地摇了摇头，他知道秦良玉在驰援夔州府城的时候，与张献忠作战遭遇惨败，白杆兵的损失很大，可没有想到秦良玉前往万县，仅仅率领两千白杆兵军士，凭着这些军士，不可能攻打万县城池，也不可能攻打万县码头。
大军在万县码头集结，按照原定的计划，到了这里之后，邓世秋和程仲地将要率领两万军士走陆路前往南充，与马士英率领的大军会和，具体商议如何进攻重庆与成都两地。