第二腔室，是环绕在中心腔室外围的七个球形空腔中的一个。
该腔室作为“储藏腔”而存在，那些阿纳隆丝上的富魔矿物、尤其是曜晶矿，从全球各地运向了此处，在这里堆积了起来。
而与第二腔室相连接的第三腔室则被某种奇特的菌丝逐渐填满。
菌丝成长到一定程度时，将会在智脑的控制下进行变异，成为硬度、功能、粗细、大小、形状均不相同的菌类群落，按照极富逻辑的方式搭建在了一起，形成了可以对第一腔室的那些矿物进行处理的活体机械。
活体机械的是参照曜晶装置而构筑的，张立思考再三，决定不采用单纯的矿物构筑这些精密而脆弱的玩意儿。
它们可是整个方舟的能量核心，万一坏在茫茫宇宙中，又缺乏金属进行维修的话，那麻烦可就大了，譬如窥探者号遭遇的难题，就是个典型的案例。
一些管理者被放进了这两个腔室，它们先是用锋利的口器将存储在第二腔室内的矿物碾碎，并在体内提纯，搬运至第三腔体里的活体机械的燃料仓中。
每台机械都与星脉相通，星脉又遍布整个方舟各处，于是便形成了稳定的能量运输渠道。
这种能量来源的构建极具必要性，若想完成宇宙航行，必须要保证方舟内部稳定的能量供给，光靠星脉对于宇宙空间内的游离魔力进行吸收，肯定是不够的。
这也是为什么方舟只有这么大的原因，假如继续增加体积的话，其内部空间、质量便会不可避免地增大，而表面积的膨胀和体积膨胀的比例则会进一步缩减。
其原理与细胞相似，当细胞表面积与体积比越来越小的时候，通过细胞膜流入细胞内的物质，将无法支撑过大细胞的能量消耗，所以地球上的细胞发育到一定程度，便会进行分裂，因为过大细胞，实在是没有办法成活。
第四腔室——第七腔室，便不再被张立设计为功能性腔室了，而是高等生命的摇篮。
未被虫细胞污染过的土壤、海水、河流……等等物质从外部搬运了进来，均匀地铺在这四个腔室的底部，堆积到圆形空腔中线的部位，形成了具有各种地形的土壤。
这些人造的土地依然具有着十分庞大的面积，基本上每个腔室都保证在12万平方公里上下的指标（韩.国国土面积为9.9万平方公里），足以建立独立的完整生态圈了。
在这四个腔室的外部，大量星脉将其团团包裹，当方舟登上宇宙之后，星脉将会驱使着腔室进行转动，以离心力带动重力的产生。
生科院将幻想时代的物种大量克隆，投放在了这些土地里，目前投放的物种基本上都是植物、低等动物之类，它们改造着大气，与智脑协同平衡着气候与温度。
而虚假的天穹则用魔力作为能源，散发出了与阳光成分近似的光芒。
无论如何，张立都不会放弃智慧生命的发展，现在有了无灵魂的虫群们作为保障，他已不那么惧怕幽鬼的侵袭，在这些腔室的土壤中，被预埋了许多强力的虫族卵荚，加上洛迪这位英灵的扫视，一旦发现幽鬼，这些卵荚便会孵化，对幽鬼进行狙杀。
而第八腔室——也是除中心腔室外的最后一个小型腔室则被留空，作为应急空间而使用，当然，它还有一个重要的功能：特殊通道。
通道连接着位于中央位置的第九腔室，这里便是张立本体未来的居所了，一条直通方舟的庞大星脉正不断拓展着，而他的星灵之躯，将通过这条星脉，经过第八腔室，转移到第九腔室之中。